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Medici per i Diritti Umani sviluppa attualmente progetti nazionali ed internazionali.
In ambito internazionale è stata promossa una iniziativa di salute rivolta ai popoli indigeni dell'America latina. Fanno parte di questa iniziativa le missioni in Messico ed in Ecuador.
In Chiapas (Messico) è in atto un progetto di sostegno ai programmi di salute comunitaria delle comunità indigene della regione de Los Altos. Medici per i Diritti Umani è particolarmente impegnata nel sostenere un programma di vaccinazioni per i bambini e le donne in gravidanza di questa regione del Chiapas.
In Ecuador il progetto di salute e sviluppo con le comunità kichwa è ubicato nella provincia andina dell'Azuay.
In seguito al terremoto-maremoto che ha sconvolto il sudest asiatico il 26 dicembre del 2004, MEDU ha partecipato ad una missione di riabiltazione socio-sanitaria per le vittime dello tsunami nella regione di Banda Aceh in Indonesia. Il progetto è stato realizzato in collaborazione con MdM Canada.
In Italia si realizzano progetti rivolti alle fasce di popolazione più vulnerabili, che, per differenti ragioni, sono escluse dall'accesso ai servizi di prevenzione e cura.
A Roma è stato avviato da due anni il progetto Un camper per i diritti; si tratta di un servizio di orientamento e assistenza medica e psicologica per le persone senza fissa dimora.
A Firenze è entrato nella fase operativa dal 2005 il progetto Case Minime ubicato in un quartiere particolarmente emarginato della città. Il programma si propone di fornire un servizio di orientamento socio-sanitario che privilegi gli aspetti preventivi.
Il programma di Osservatorio sui CPT (Centri di permanenza temporanea) si propone di monitorare l'accesso alle cure sanitarie della popolazione migrante trattenuta in queste strutture.
Il progetto Maschio per obbligo si propone di contrastare la violenza e la discriminazione di genere promuovendo attività di informazione e sensibilizzazione, particolarmente rivolte ai giovani.
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